Gli organi del Comitato sono:
L'Assemblea ha funzioni di indirizzo e di controllo, nell’attuazione e realizzazione degli scopi istituzionali espressi nell’Atto Costitutivo del Comitato, e delega i propri poteri al Consiglio Direttivo.
Il Consiglio Direttivo rappresenta l’organo esecutivo del Comitato, composto in forma permanente da un numero minimo di 6 componenti, la cui presidenza è affidata al Sindaco del Comune di Taranto.
Il Direttore Generale, nominato dal Consiglio Direttivo, ha poteri esecutivi, operativi e gestionali, e coordina lo Staff Operativo composto dai Responsabili di Area per le attività individuate.
Il Collegio dei Revisori dei Conti, nominato dall’Assemblea di Indirizzo, accerta la regolare tenuta della contabilità e verifica i bilanci.
Il Nucleo Interno di Valutazione, nominato dal Consiglio Direttivo, è competente in materia di controllo strategico e gestionale secondo quanto stabilito del regolamento attuativo.